ジュニア文庫というのは秋元文庫やコバルト文庫などを指すのだろう，ということは分かるのですが，ライトノベルとはどういう関係になっているのか？ということがよく分かりません。
そこでライトノベル・ファンパーティーの中の，早見裕司ジュニアの系譜を見ると，ジュニア文庫の歴史や蘊蓄が綿々と綴られていて吃驚します。
『今、「ライトノベル」と呼ばれているジュニア小説の多くは、文庫の形で出ていますが、その始まりは、1973年の秋元文庫と私は考えています。今に到るジュニア文庫の要素が揃った、初めての文庫と思われるからです。中学・高校生を対象としている、レーベルとして独立している、日本の創作小説が多く収録されている、などですね。それまでにも、例えば「カバヤ文庫」などという子ども向けの文庫はあった（らしい）のですが、主に海外の名作ものでした。』
詳しくは早見裕司さんのページで。